Научно-исследовательский институт физики (НИИ физики Южного федерального университета) является правопреемником созданного в 1935 году при Ростовском государственном университете Научно-исследовательского физико-математического института (НИФМИ) (Постановление Совета Народных Комиссаров РСФСР № 827 от 5.08.1935 г.). В период Великой Отечественной войны физики и астрономы РГУ выполняли задания командования южного фронта и по возможности продолжали работать над довоенными темами. Вскоре после войны, 6 января 1946 года, Совнарком РСФСР постановил восстановить при РГУ Научно–исследовательский физико-математический институт в более расширенном виде по сравнению с довоенным. Вместо прежних двух отделов – физики и математики, были созданы четыре отдела: физики, математики, механики и астрономии. С развитием научно-исследовательских работ структура НИФМИ уже не вполне соответствовала положению дел в институте, и Министерство высшего и среднего специального образования РСФСР принимает решение о реструктуризации института. В 1970 году 18 декабря издается приказ № 631 Министерства высшего и среднего специального образования РСФСР «Об организации при Ростовском государственном университете Научно-исследовательского института физической и органической химии и Научно-исследовательского института физики.». 6 марта 1971 г. издается приказ № 362 Ректора Ростовского ордена Трудового Красного Знамени государственного университета «Об организации при Ростовском государственном университете Научно-исследовательского института физической и органической химии и Научно-исследовательского института физики.»